Outre la richesse de sa collection, l'originalité du musée tient dans le soin apporté par Marc Chagall dans la conception des vitraux de la salle de concert, de la mosaïque et de la tapisserie spécialement réalisés pour le musée.

Charles Marq a œuvré à la réalisation des vitraux, pour former un ensemble d'une rare élégance, baignant dans une atmosphère d'intimité et de recueillement. André Hermant a su pour chaque espace créer un cadre sobre et classique, permettant la mise en valeur des œuvres en fonction des orientations lumineuses et des contraintes de conservation.

À son ouverture, le musée a donné lieu à une riche campagne de presse, très élogieuse, et dont l'architecte a pourtant été absent. Cet effacement, dû en partie à la personnalité très réservée d'André Hermant, mais aussi aux conditions de réception de la commande architecturale avant l'ère des grands travaux et le succès public des musées à partir des années quatre-vingts, est révélateur d'une tension entre la célébration de la figure de l'artiste et l'indifférence à l'égard du concepteur de la matrice architecturale.