Le chantier du musée est traversé par de multiples évènements et perturbations, bien souvent inhérents au déroulement courant d'une opération, mais qui prennent ici, en raison de la collaboration active entre le peintre et l'architecte, une tournure particulière.

Nonobstant quelques épisodes cocasses, comme le happening réalisé sur André Malraux au moment de la pose de la première pierre en 1969, cette réalisation est marquée par l'inquiétude de Chagall de voir son rêve aboutir, par le souci d'Hermant de répondre au mieux à la commande et, enfin, par le rôle fondamental de Jean Chatelain (directeur des Musées de France de 1962 à 1974) qui a fait preuve de la diplomatie nécessaire à l'achèvement du projet.

Après des années de redéfinitions constantes, de négociations, mais aussi de renoncements, le musée a pu ouvrir ses portes. Le succès est immédiat et durable. Il fait oublier les affres d'un chantier difficile pour toutes les parties engagées, dans cette histoire restée dans l'ombre et qui prend, à la vue des correspondances échangées, un caractère de gravité.