L'abondante correspondance conservée dans les archives d'André Hermant et dans les archives Marc et Ida Chagall éclaire l'histoire méconnue d'un chantier vécu comme une véritable épreuve par les parties impliquées. Plusieurs éléments sont l'objet de discordes, surtout au moment des finitions, causant à Chagall « un très grand souci et du chagrin » [extrait de la lettre de M. Chagall à J. Chatelain, 13 juillet 1971 – Archives Marc et Ida Chagall, Paris].
Le plafond de la salle de concerts, notamment, est l'objet d'une confrontation particulièrement vive. Les vitraux avaient été conçus et réalisés pour passer derrière la retombée du plafond sur une trentaine de centimètres. Lors de leur mise en place, Chagall exige le relèvement du plafond afin que les vitraux soient entièrement visibles. Lorsque la communication est impossible, Hermant s'en remet à la Direction des musées de France : « Chagall a travaillé avec Marq (le maître-verrier) sur ces vitraux en tenant compte de cette disposition arrêtée pour des raisons bien précises dès le début. Il semble l'avoir oublié [...] De même, le désir précédemment exprimé d'une atmosphère intime pour l'ensemble, avec plafonds bas, s'est tout à coup transformé en aspiration vers le monumental : 'plafonds le plus hauts possibles'... ou encore demande que la porte d'entrée soit... 'comme celle du Louvre' ! [...] Je ne puis faire l'impossible et satisfaire à des demandes changeantes et inconsidérées. »

En définitive, le plafond sera surélevé comme le souhaitait Chagall mais Hermant, plus soucieux des problèmes de construction et d'équilibre des volumes, ne cacha pas ses regrets. Il proposa même le rabaissement du plafond à ses propres frais.